Галина
Юрьевна
Ризниченко

Биоинформатика и молекулярное моделирование

В этом разделе курса лекций «Математические модели в биологии» даётся обзор сетевых баз данных и способов работы с ними. Рассматриваются методы, используемые в молекулярной биологии для анализа и сравнения нуклеотидных и аминокислотных последовательностей, и методы молекулярного моделирования.

Смотри также:

Тема 1: Базы данных. Систематизация и поиск информации

Библиографические базы данных. Работа с научными журналами. Таксономические базы данных. Базы данных нуклеотидных последовательностей и пространственных структур белков. Онтологии.

Тема 2: Эволюция и оптимизация. Модели экспрессии генов

Эволюционные деревья. Типы оптимизации. Термодинамические ограничения. Потоковые модели. Оптимальные каталитические свойства фермента. Оптимальное распределение концентраций ферментов в метаболической сети. Эволюционные стратегии. Построение схемы цепи (сети) взаимодействий. Анализ генных сетей.

Тема 3: Модели процессов на молекулярном уровне. Молекулярная динамика биомакромолекул

Физические основы метода молекулярной динамики. Молекулярный докинг. Крупнозернистые модели. Пакеты компьютерных программ и базы данных.

Тема 4: Модели процессов в субклеточных наносистемах

Кинетическое и прямое компьютерное моделирование. Роль сложного интерьера клетки в кинетике наблюдаемых процессов. Модель электронного транспорта и сопряженных процессов в фотосинтетической мембране.