Галина
Юрьевна
Ризниченко

Модели процессов на молекулярном уровне. Молекулярная динамика биомакромолекул

Информация о белках. База нуклеотидных последовательностей EMBL-банк (European Molecular Biology Laboratory) – создается в сотрудничестве с GenBank (США) и DDBJ (DNA Database of Japan). Каждая из этих трех групп собирает часть публикуемых во всем мире данных о последовательностях, обмен данными производится ежедневно.

Центральное хранилище данных о последовательностях и функциях белков – база данных Универсального белкового ресурса (Universal Protein Resource, UniProt, http://www.uniprot.org). В базе содержатся точно аннотированные белковые последовательности; бесплатно доступен широкий спектр перекрёстных ссылок на литературу и результаты компьютерного анализа.

База о трехмерных структурах макромолекул PDB (Protein Data Bank) Атомные координаты структур белков и нуклеиновых кислот. Обычно программы моделирования могут читать файлы данных, полученные непосредственно из PDB и трансформировать их в трехмерное изображение белка.

Физические основы метода молекулярной динамики. Потенциалы молекулярных взаимодействий. Понятие термостата. Вычисление полей с помощью программы GRID.

Моделирование белков по гомологии. Валидизация моделей белков. Стехиометрическая корректность. Качество упаковки. Анализ достоверности укладки.

Молекулярный докинг. Области применения и ограничения молекулярного докинга. Разработка лекарственных веществ на основе информации о мишенях и лигандах.

Пример моделирования белков – ядерный рецептор CAR (конструктивно-активный андростановый рецептор человека) и его лиганд-рецепторные комплексы.

Крупнозернистые модели.