Галина
Юрьевна
Ризниченко

Модели нелинейного мира

Лекции - 2014

Лекция 1. 10 сентября 2014. Понятие модели. Модели в разных науках: физике, химии, биологии, экономике, гуманитарных науках. Классификация моделей: регрессионные, качественные (базовые), имитационные. Мягкие и жесткие модели (По Арнольду). Линейные и нелинейные модели. Понятие переменных и параметров. Нелинейное мышление и экологическое сознание.

Лекция 2. 17 сентября 2014. Классификация моделей: регрессионные, качественные (базовые), имитационные. Мягкие и жесткие модели (По Арнольду). Понятие переменных и параметров. Исследование модели. Представляющей собой одно автономное дифференциальное уравнение.

Самостоятельная работа

  • Приведите примеры моделей в Вашей науке. Как можно их классифицировать?

 

Лекция 3. 24 сентября 2014. Модели роста. Рост популяции. Рост капитала. Модель роста человечества. Детерминированные и вероятностные модели роста. Непрерывные и дискретные модели. Динамические режимы в дискретных моделях. Роль запаздывания.

Лекция 4. 1 октября 2014. Математический аппарат моделирования. Обыкновенные дифференциальные уравнения. Поведение системы во времени. Понятие фазовой плоскости и фазового пространства. Понятие стационарного состояния. Понятие устойчивости стационарного состояния. Гармонический осциллятор. Модель военного соперничества (Неймарк). Модели простейших химических реакций.

Лекция 5. 8 октября 2014. Клеточные автоматы. Анализ устойчивости стационарного состояния. Модели простейших химических реакций.

Лекция 6. 15 октября 2014. Иерархия времен процессов в сложной системе. Метод квазистационарных концентраций в химии. Теорема Тихонова. Иерархия времен процессов в живых системах. Пример – фотосинтез. Иерархия процессов в моделях экосистем. Глобальные модели. Методы моделирования и исследования.

Самостоятельная работа

  • Приведите пример иерархии характерных времен в системе, относящейся к Вашей области знаний
  • Постройте таблицу, иллюстрирующую иерархию времен процессов в системе, которую Вы изучаете или хотели бы изучать

 

Лекция 7. 22 октября 2014. Доклады студентов на тему "Примеры иерархии времен процессов в системах разной природы":

  • Денис Нагаюк. Астрофизика
  • Максим Яцкевич. Процессы в лазере  (light amplification by stimulated emission of radiation)
  • Анастасия Рагульская. Характерные времена спектрометрии комбинационного рассеяния
  • Александр Майоров. Свертывание крови
  • Видеозапись
  • Аудиозапись
  • Презентация

Лекция 8. 29 октября 2014. Теорема Тихонова. Фермент-субстратная реакция Михаэлиса-Ментен. Мультистационарные системы. Понятие триггера. Типы эволюции неживых и живых систем. Модели отбора. Конкуренция биологических видов. Генетический триггер Жакоба и Моно. Конкуренция в экономике. Триггерная модель высоко- и низкопродуктивной экономики (Д.С.Чернавский).

Лекция 9. 5 ноября 2014. Понятие бифуркаций. Типы бифуркаций. Катастрофы типа складки и сборки. Философские понятия катастроф. Периодические процессы в физике, химии, биологии, экономике. Гармонический осциллятор и нелинейный осциллятор. Представление моделей процессов в виде рядов периодических функций (Ряды Фурье). Представление колебаний на фазовой плоскости. Предельный цикл. Мягкое и жесткое рождение колебаний. Колебания в биологических системах: фотосинтез, гликолиз, регуляция кальция в клетке, клеточный цикл. Бумы и спады в экономике. Циклы Леонтьева. Циклы солнечной активности и их влияние на историю.

Самостоятельная работа

  • Приведите примеры колебательных процессов в живых системах
  • Какие колебательные процессы присутствуют в системе, которую Вы изучаете (хотели бы изучать)
  • Приведите пример колебательной системы, где важную роль играет запаздывание

 

Лекция 10. 12 ноября 2014. Детерминированный хаос. Модель Лоренца (из метеорологии). Понятие странного аттрактора. Горизонт предсказуемости. Понятие устойчивости траектории системы. Критерии оценки устойчивости. Показатель Ляпунова. Понятие фрактала и фрактальной размерности. Примеры фрактальных систем. Фрактальная геометрия природы (Мандельброт).

Самостоятельная работа

  • Приведите примеры детерминированных систем с квазистохастическим поведением в своей области знания
  • В чем смысл существования таких систем?

 

Лекция 11. 19 ноября 2014. Татьяна Юрьевна Плюснина. Модели регуляции процессов в живой клетке с использованием данных биоинформатики. Метаболические и регуляторные генные сети. Потоковые модели процессов метаболизма. Решение задачи оптимизации. Методы линейного программирования. Метаболические модели. Формулировка и исследование. Отличие стехиометрических (стационарных) и кинетических моделей. Метод анализа стационарных потоков. Задача оптимизации для метаболической модели. Виды целевых функций и ограничений в метаболических моделях. Базы данных. Систематизация и поиск информации. Литературные базы данных. PubMed - (MEDLINE и др. Биомедицинские издания). OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) – каталог генов человека и генетических нарушений. Текстовая информация и литературные ссылки. Работа с научными журналами. Таксономические базы данных. (NCBI) Базы данных нуклеотидных последовательной (Genetic sequence databank GenBank – 85,7 млрд оснований нуклетидов из 82 млн нуклеотидных последовательностей), Reference Sequence databank RefSeq, первичные последовательности DNA, mRNA и белков основных исследованных организмов. PDB – банк данных по пространственным структурам белков (более 70 тыс. структур). Онтологии. Онтология Генов (Gene Ontology GO) Молекулярная функция. Биологический процесс. Компонент клетки. BioNumbers – количественные значения биологических параметров.

Лекция 12. 26 ноября 2014. Поведение систем в пространстве и во времени. Распространение фронтов, импульсов и волн. Механические колебания струны. Распространение акустической волны. Распространение пламени в степи. Автоволновые процессы в физических и химических системах. Уравнение Петровского-Колмогорова-Пискунова-Фишера. Реакция Белоусова-Жаботинского. Распространение нервного импульса. Модели сердечной активности. Модели морфогенеза. Философское понятие морфогенеза. Книга Р. Тома «Теория морфогенеза». Модель Тьюринга. Брюсселятор – базовая модель нелинейного пространственно-временного поведения. Модели школы И.Р.Пригожина. Раскраска шкур животных. Формообразование морских звезд и раковин (Майнхардт). Структуры расселения растительности (Лефевр). Модели образования городов.
Модели процессов на наноуровне. Бионаноструктуры. Модели квантовой химии. Молекулярная динамика. Многочастичные броуновские модели. Концепция белок-машина. Молекулярные моторы и их модели. Молекулярные «энергетические фабрики»: хлоропласты (фотосинтез) и митохондрии (дыхание). Модели рождения информации. Способы передачи информации. Информационные сети. Транспортные сети. Регуляторные генные и метаболические сети в живой клетке. Понятие ценности информации. Синергетические модели деятельности мозга (Хакен). Нейрокомпьютинг. Модели художественного творчества. Сети взаимоотношений персонажей художественных произведений.

Зачёт по курсу проводится на кафедре биофизики Биологического факультета МГУ в Новой аудитории в то же время, что и проводились лекции (среда, 1520). Для сдачи зачёта необходимо подготовить краткий (10 минут) доклад, в котором рассказать о применении нелинейного моделирования в интересующей Вас области знаний.

 

Доклады. 3 декабря 2014. Кафедре биофизики Биологического факультета МГУ, Новая аудитория

  • Варвара Шубина (философский ф-т) Теоретическая история

Доклад о математическом моделировании исторических процессов. Возможна ли теоретическая история в принципе? Принципиальные трудности при компьютерном моделировании социальных процессов. «Стратегия свершившихся фактов», бифуркационные диаграммы исторических периодов. Применение нелинейного моделирования в прогнозировании, долгосрочном планировании и управлении. Вопрос об иерархии причинно-следственных связей. Развитие техники вычислительного эксперимента в исторической науке. «Историческая механика» и синергетика. Анализ альтернативных вариантов развития исторических событий. Динамические системы с джокерами.

Доклад на основе книги Капицы, Курдюмова, Малинецкого «Синергетика и прогнозы будущего». Доп. литература: Коротаев, Халтурина «Законы истории: математическое моделирование и прогнозирование мирового и регионального развития»; Князева, Курдюмов «Основания синергетики»; Пригожин,Стенгерс «Порядок из хаоса» и др.

  • Никита Поспелов (физфак) Принципы работы лазеров и области их применения
  • Илья Сосулин (химфак) Химическая кинетика. Реакции нулевого, первого и второго порядка
  • Иван Крылов (химфак) Теория мишеней
  • Марк Меерсон (ФББ) Модели роста опухолей
  • Алибек Абдурахманов (ФББ) Пространственная структура хроматина
  • Всеволод Вожаков (физфак) Генерация хаотических сигналов в электрических цепях